En 1953, Mortensen fundó su propio estudio de diseño industrial, que más tarde pasó a llamarse John Mortensen Associates. Trabajó en una amplia gama de proyectos, incluidos electrodomésticos, equipos de oficina, muebles, juguetes y envases.
Mortensen fue pionero en el diseño de envases, utilizando gráficos atrevidos y colores brillantes para ayudar a los productos a destacar en las estanterías de las tiendas. Ha trabajado con empresas como Coca-Cola, PepsiCo, Procter & Gamble y General Electric.
Mortensen también enseñó diseño industrial en la Universidad de Siracusa durante más de 20 años y fue miembro del Instituto Americano de Diseñadores Gráficos. Ha recibido numerosos premios por su trabajo, entre ellos la Medalla de Oro del Instituto Americano de Diseñadores Gráficos en 1973.