Pagano studiò architettura all'Università di Roma e fu influenzato dal movimento futurista italiano. Nel 1928 fu membro fondatore della rivista di architettura "Casabella", dove promosse l'architettura razionalista. Fu anche uno dei fondatori del Movimento di Architettura Organica nel 1932.
Tra le sue opere più famose c'è la Casa del Fascio a Lissone, costruita tra il 1937 e il 1939, che è stata acclamata come un esempio di architettura razionalista italiana. Progettò anche la Casa del Balilla a Sabaudia e la Casa del Popolo a Ivrea.
Pagano fu un oppositore politico del regime fascista di Mussolini e fu arrestato nel 1943. Fu deportato in un campo di concentramento in Germania, dove morì nel 1945. La sua morte fu commemorata dal Movimento per l'Architettura Organica con la pubblicazione del libro "Il Progetto di Giuseppe Pagano" nel 1948.
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