Boeri ha iniziato la sua carriera nel design industriale lavorando per l'azienda di elettrodomestici Arflex nel 1963. Ha progettato diversi mobili di rilievo, tra cui il divano Strips (1968) e la sedia Serpentone (1971).
Nel 1979, Boeri ha fondato il proprio studio di design, Cini Boeri Architetti, a Milano. Ha continuato a lavorare su una varietà di progetti di design industriale, tra cui accessori di moda per l'azienda tedesca Knoll International.
Boeri si è occupata anche di progettazione architettonica, tra cui edifici residenziali e commerciali. Ha progettato progetti come la Torre Galfa a Milano (1956) e la sede della casa automobilistica Fiat a Torino (1971).
Nel corso della sua carriera, Boeri ha vinto numerosi premi prestigiosi, tra cui il Compasso d'Oro nel 1979 per la sedia Strips e il Lifetime Achievement Award della Interior Design Hall of Fame nel 2016. È considerata una delle designer italiane più influenti della sua generazione.