Em 1953, Mortensen fundou o seu próprio estúdio de design industrial, que mais tarde passou a chamar-se John Mortensen Associates. Trabalhou numa vasta gama de projectos, incluindo electrodomésticos, equipamento de escritório, mobiliário, brinquedos e embalagens.
Mortensen foi um pioneiro no design de embalagens, utilizando gráficos arrojados e cores vivas para ajudar os produtos a destacarem-se nas prateleiras das lojas. Trabalhou com empresas como a Coca-Cola, a PepsiCo, a Procter & Gamble e a General Electric.
Mortensen também ensinou design industrial na Universidade de Syracuse durante mais de 20 anos e foi membro do American Institute of Graphic Designers. Recebeu inúmeros prémios pelo seu trabalho, incluindo o Gold Medal Award do American Institute of Graphic Designers em 1973.
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