En 1953, Mortensen a fondé son propre studio de design industriel, qui a été rebaptisé plus tard John Mortensen Associates. Il a travaillé sur un large éventail de projets, notamment des appareils ménagers, des équipements de bureau, des meubles, des jouets et des emballages.
Mortensen a été un pionnier dans le domaine du design d'emballages, en utilisant des graphismes audacieux et des couleurs vives pour aider les produits à se démarquer dans les rayons des magasins. Il a travaillé avec des entreprises telles que Coca-Cola, PepsiCo, Procter & Gamble et General Electric.
Mortensen a également enseigné le design industriel à l'Université de Syracuse pendant plus de 20 ans et a été membre de l'Institut américain des designers graphiques. Il a reçu de nombreux prix pour son travail, notamment le prix de la médaille d'or de l'Institut américain des graphistes en 1973.